天啓七年（1627年）八月二十二日，明熹宗天啓皇帝病逝，沒有子嗣，遺詔由唯一的弟弟信王朱由檢繼承帝位，改明年年號為「崇禎」。當時崇禎皇帝年僅十七歲。

崇禎皇帝繼位，必須面對的最大威脅，是控制宮廷事務，掌握朝政實權的司禮太監魏忠賢。崇禎帝進宮之初，誠惶誠恐，憂心魏忠賢加害，但不久之後發現，魏忠賢權勢的根源，是天啓皇帝對他的信賴及縱容，於是展開剷除魏忠賢的行動：首先是驅逐天啓帝乳母「奉聖夫人」客氏出宮，然後授意一位地位卑微的秀才錢嘉徵上表彈劾魏忠賢欺君、蔑后、目無祖宗、剋削宗藩、掩飾邊功、勞民傷財、疏通關節等十大罪狀，在朝會中宣讀，迫魏忠賢辭職，並且發配鳳陽。魏忠賢在途中自縊而死，一代權閹就此殞落。親附魏忠賢的大臣被免職、治罪，但閹黨的勢力仍然龐大，對其後的明朝政局影響甚深。

魏忠賢雖然除去，但崇禎皇帝所統治的大明，受到兩大煞星的威脅，其一是東北方的後金，其二是西北方陝西爆發的民變。

後金天命汗努爾哈赤雖然在天啓六年進攻寧遠城失敗負傷退兵，傷重而死，但繼位的天聰汗皇太極雄心勃勃，圖謀入主中原。崇禎皇帝把鞏固邊防、收復遼東失地的希望，寄托在擊退後金的寧遠城守將袁崇煥身上。崇禎元年（1628年）初，任命袁崇煥為兵部尚書兼右副都御史，督師薊、遼，兼督登、萊、天津軍務。七月，在紫禁城建極殿（清朝以後稱保和殿）平台召見袁崇煥，袁崇煥慷慨陳詞，誇下海口，聲稱五年可以收復遼東失地。崇禎帝大喜，賜袁崇煥蟒袍玉帶及「尚方寶劍」。袁崇煥離京之際，豪言賦詩云：「臣心期報國，誓唱凱歌歸」。

袁崇煥到任後還積極整頓關內外軍務，平定兵變，淘汰部分參將、遊擊、守備、中軍、千總、把總等官近百員，對各堡壘、驛站的佈置也重新進行規劃，由親信將領祖大壽、趙率教、何可綱統領。並敦促工部改進武器裝備質量，敦促户部向沿邊各鎮訂購戰馬，以達成「精兵、壯馬、堅甲、利兵」的必要條件。

袁崇煥還有一個棘手的問題，即如何處置東江總兵毛文龍。毛文龍自天啓元年，據守皮島，擁兵侵擾後金，屢有成效，己控制遼東半島南部旅順一帶，但不受袁崇煥節制。崇禎二年五月底，袁崇煥以視察為名，帶領親軍，攜帶尚方寶劍到達旅順雙島，與毛文龍會談，袁勸毛交出兵權，辭職還鄉，被毛所拒。六月初五，袁崇煥稱準備離開，設宴答謝島上將士，袁在席間宣告毛文龍十二大罪（專制一方、欺君冒功、跋扈不臣、侵吞糧餉、私通島夷、擅行任免、劫掠商人、好色誨淫、虐待遼民、諂媚魏閹、掩敗為功、觀望養寇），並請出尚方寶劍斬殺毛文龍，接掌毛文龍兵權。隨後袁崇煥向崇禎帝匯報，崇禎帝聞報，起初大驚，但立即斥責毛文龍死有餘辜，嘉獎袁崇煥的果斷行動，命其不必請罪。